ปัจจัยด้านไวรัส โควิด19 สภาพแวดล้อมที่เอื้ออำนวย

นอกจากความสำคัญของแหล่งกักเก็บ บาคาร่า ที่อุดมสมบูรณ์ในฐานะแหล่งยีนและสภาพแวดล้อมที่เอื้ออำนวยแล้ว ปัจจัยไวรัสหลักสามประการเป็นเครื่องมือที่ช่วยให้ CoVs สามารถข้ามอุปสรรคของสายพันธุ์ ได้ [41 ] ประการแรก อัตราการกลายพันธุ์โดยประมาณที่สูงผิดปกติของพวกมันซึ่งสัมพันธ์กับการจำลองแบบ RNA เกือบ 2 × 10 −6เป็นพิเศษแม้ในหมู่ไวรัสอาร์เอ็นเอ ความไม่ซื่อสัตย์ของ RdRp ของ CoVs ทำให้พวกเขาโดยเฉพาะพลาสติก ประการที่สอง การสลับเทมเพลตแบบสุ่มที่ไม่ซ้ำกันซึ่งอาศัยกลไก 'ตัวเลือกการคัดลอก' ระหว่างการจำลองแบบ RNA ซึ่งการถอดความ RNA แบบไม่ต่อเนื่องและการมีอยู่ของความยาวเต็มและ RNA ของสายเชิงลบของซับจีโนมจะนำไปสู่การสลับสายและการรวมตัวใหม่ระหว่างจีโนมของไวรัสและคอมเพล็กซ์การจำลองแบบย่อยบ่อยครั้ง . ซึ่งช่วยให้เกิดการรวมตัวกันใหม่ของ RNA ที่คล้ายคลึงกันได้ถึง 25% ระหว่างการติดเชื้อแบบผสม พบหลักฐานทางสายวิวัฒนาการของการรวมตัวกันใหม่ตามธรรมชาติทั้งใน HCoV-HKU1 และ HCoV-OC43 และ CoV ในสัตว์ เช่น bat-SARS-CoV และ bat-CoV-HKU9 ประการที่สาม CoVs มีจีโนมที่ใหญ่ที่สุด (26.4–31.7 kb) ของไวรัส RNA ที่รู้จักทั้งหมด ทำให้มีความยืดหยุ่นเป็นพิเศษในการรองรับและดัดแปลงยีนโดยไม่สูญเสียสมรรถภาพทางกายมากเกินไป

ความสำคัญของปัจจัยไวรัสเหล่านี้ในการอนุญาตให้ CoV สามารถข้ามสิ่งกีดขวางระหว่างสายพันธุ์นั้นแสดงให้เห็นอย่างชัดเจนใน SARS-CoV การวิเคราะห์เปรียบเทียบระหว่างเชื้อ SARS-CoV ของมนุษย์และเชื้อ SARS-CoV จากชะมด แสดงให้เห็นว่าไวรัสได้รับการปรับตัวอย่างรวดเร็วในโฮสต์ที่แตกต่างกัน โดยเฉพาะอย่างยิ่งกับการกลายพันธุ์ที่โดเมนการจับตัวรับ (RBD) ของโปรตีน Spike (S) ซึ่งแสดงให้เห็นหลักฐานของการคัดเลือกในเชิงบวกระหว่าง - และเหตุการณ์การถ่ายทอด intraspecies [42]. RBD ของโปรตีน S ของ CoV ทำปฏิกิริยากับตัวรับเซลล์และถูกเลือกอย่างเข้มข้นโดยการตอบสนองของแอนติบอดีเจ้าบ้าน ใน SARS-CoV ชิ้นส่วน S1 ระหว่างกรดอะมิโน 318 และ 510 คือ RBD และจับกับตัวรับ angiotensin converting enzyme 2 (ACE2) ของมนุษย์เป็นหลัก เช่นเดียวกับตัวรับร่วม เช่น เลคตินชนิด C เช่น DC- และ/หรือ L - ลงชื่อเข้าใช้การเทียบท่าไวรัสและการเข้า(47).

นอกจากนี้ SARS-CoV RBD ยังสามารถจดจำตัวรับ ACE2 ของสัตว์สายพันธุ์ต่างๆ รวมทั้งค้างคาว ชะมด หนู และสุนัขแรคคูน ซึ่งช่วยให้สามารถแพร่เชื้อข้ามสายพันธุ์ได้ RBD ของมนุษย์และชะมดไอโซเลตต่างกันเพียงหกเรซิดิวกรดอะมิโน โดยสี่ตัวตั้งอยู่ในโมทีฟซึ่งจับรีเซพเตอร์ ซึ่งเป็นบริเวณลูปของ RBD ที่มีเรซิดิว 13 จาก 14 เรซิดิวที่เชื่อมต่อกับรีเซพเตอร์ ACE2 การกลายพันธุ์ของ K479N และ S487T ใน RBD ของชะมดที่แยกได้เพิ่มความผูกพันกับตัวรับ ACE2 ของมนุษย์และมีความสำคัญในการปรับตัวของไวรัสกับมนุษย์[47 ] RBD ของนวนิยาย MERS-CoV ที่เกิดขึ้นใหม่ได้รับการระบุเมื่อเร็ว ๆ นี้[52]. การจัดตำแหน่งตามลำดับของ RBD ในโปรตีน SARS-CoV S กับบริเวณที่สอดคล้องกันระหว่างกรดอะมิโน 377 และ 662 ในโปรตีน MERS-CoV S พบว่าทั้งชิ้นส่วน S1 และ S2 มีความคล้ายคลึงกันต่ำโดยมีเอกลักษณ์ 14% และมีความคล้ายคลึงกัน 38% เท่านั้น ในขณะที่ โดเมนหลักที่ประกอบด้วย β-ชีตและ α-helices มีความคล้ายคลึงกันสูงกว่าโดยมีความเป็นเอกลักษณ์ 23% และความคล้ายคลึงกัน 61% ตรงกันข้ามกับ SARS-CoV ตัวรับ ACE2 ของมนุษย์ไม่จำเป็นหรือเพียงพอสำหรับการจำลองแบบของ MERS-CoV [53 ] สิ่งที่น่าสนใจคือ HCoV-NL63 ยังจับกับ