คำว่าไมโครไบโอมหมายถึงการรวบรวมจีโนมหรือสารพันธุกรรม

คำว่าไมโครไบโอมหมายถึงการรวบรวมจีโนมหรือสารพันธุกรรมที่จำเป็นจากจุลินทรีย์ทั้งหมดในสิ่งแวดล้อม คำว่า microbiota มักหมายถึงจุลินทรีย์ เช่น แบคทีเรีย ไวรัส และเชื้อรา ซึ่งพบได้ในสภาพแวดล้อมที่เฉพาะเจาะจง โรคผิวหนัง  เช่น บนผิวหนังหรือในลำไส้ นักวิทยาศาสตร์ได้ค้นพบในช่วงหลายทศวรรษที่ผ่านมาว่ากลุ่มจุลินทรีย์เหล่านี้มีบทบาทสำคัญต่อสุขภาพของมนุษย์มีปฏิสัมพันธ์กับเมตาบอลิซึมระบบภูมิคุ้มกันและระบบประสาทส่วนกลางการศึกษาจำนวนมากแสดงให้เห็นความแตกต่างอย่างมากระหว่างไมโครไบโอมในทารกแรกเกิดที่ผ่าคลอดกับการคลอดทางช่อง